吉他泛音的原理主要基于琴弦的振动和干涉现象。当吉他弦被拨动时，会产生一个基音，这是全弦振动的结果。同时，琴弦的不同部分也会以不同的频率振动，这些部分振动产生的音就是泛音。这些泛音以基音为基准，按照一定的数学比例关系排列，形成所谓的“分音列”。
具体来说，当手指轻轻地接触在琴弦的特定等分点上时，会使琴弦不仅整体振动，而且该等分点部分也同时振动。这样产生的音就是基音高的那个音，也就是泛音。理论上，在琴弦的二等分、三等分、四等分等各点上都能发出泛音。但在吉他上，各等分点上泛音的清晰度和响度是不同的，等分越少（如二等分到六等分），发音就越清晰越响亮；等分越多（如七等分以上），发音就越模糊，越不响亮，甚至可能被噪音盖过。
泛音的发音原理还可以通过人工泛音的方式来实现。人工泛音的发音原理是用左手按下吉他上任何一个非空弦音，然后找到以这个音为基音的1/2泛音点，也就是距这个音第十二品格的位置，即这个音弦长的1/2处。然后，用右手1指轻触泛音点，用右手a指（演奏低音弦时有时也用p指拨弦）在离泛音点尽量远处拨弹琴弦。在a指发音的同时，i指果断离弦，就能发出比基音高八度的泛音。
总的来说，吉他泛音的原理是通过琴弦的整体振动和分段振动产生的，这些分段振动产生的音就是泛音。自然泛音和人工泛音都是基于这个原理，但演奏方法略有不同。
